La estructura organizativa de la Sociedad Japonesa está basada en grupos de afinidad, siendo estos los siguientes:
Andes Kai: grupo masculino conformado por inmigrantes japoneses de 1ª generación de residencia permanente en el país. Planifican, gestionan y cooperan activamente en diversas actividades y eventos. Su compromiso es hablar en idioma japonés dentro del grupo.
Himawari Kai: grupo femenino integrado por japonesas de 1ª generación, por damas Nikkei y por otras mujeres que hablan idioma japonés. Su misión es transmitir las tradiciones culturales japonesas. Entre sus actividades destacan el Kitsuke, Bon Odori y la difusión de la ceremonia del té.
Sakura Kai: grupo integrado por descendientes de japoneses en 2ª generación. Lo integran adultos mayores cuyo objetivo es promover la amistad y mantener viva las tradiciones de sus ancestros, y la cooperación entre sus miembros, además de participar en actividades de la Sociedad Japonesa.
Shinrai Kai: grupo conformado por descendientes en 3ª y 4ª generación. Lo integran jóvenes profesionales que también han nacido, estudiado y/o vivido en Japón. Su objetivo es generar vínculos que preserven el legado de sus antepasados, y lograr la cooperación entre las comunidades chilena y japonesa.
Showa Kai: grupo conformado por los nacidos en la era Showa. Surge de la Asociación de Estudiantes Nissei en 1957. Como descendientes de las primeras familias inmigrantes este grupo ha contribuido en el desarrollo de la institución y participa activamente en diversas actividades, como el Ciclo de Cine Japonés.
Takeno Kai: grupo formado por hijos de japoneses nacidos en la era Taisho. Sus padres fundaron el Taisho Kai, y aspiraban a que ellos siguieran la tradición de pertenencia. Sin embargo, la 2ª generación decidió crear su propio grupo, cuyo principal objetivo ha sido promover la cultura japonesa entre sus miembros.